Із самого початку свого перебування в Україні чекісти зіткнулися з національним опором. Найдовше трималися партизани Холодноярської республіки. У зв'язку з неможливістю перемогти бунтівних холодноярських отаманів у ЧК розробили спеціальну операцію з їх нейтралізації та захоплення. Далі жертвою чекістів серед українських військових і політичних лідерів став колишній Верховний Отаман УНР Симон Петлюра. 25 травня 1926 опівдні він був застрелений Самуїлом Шварцбардом (Шуліма Шварцбурд) у Парижі, на розі вулиці Расін та бульвару Сен-Мішель. Суд убивцю виправдав. 1922 року співробітник одеської ЧК Дмитро Медведєв, у майбутньому командир партизанського загону "Переможці", був направлений до Румунії зі спецзавданням — убити Нестора Махно. У місті Бендери Медведєв проник на квартиру, де представники сигуранци (румунської спецслужби) чекали "батька" для важливої розмови. Але Махно на зустріч запізнився, і чекіст змушений був розстріляти цих співробітників. Наступною жертвою людей із "чистими руками " був творець Організації українських націоналістів полковник Євген Коновалець (травень 1938). От як згадував у своїй книзі «Розвідка і Кремль» «радянський Скорцені» Павло Судоплатов: "Я вручив йому подарунок, коробку цукерок (нашпиговану вибухівкою), і сказав, що мені зараз треба повертатися на судно. Йдучи, я поклав коробку на столик поруч з ним. Ми потиснули один одному руки, і я вийшов, ледве стримуючи своє бажання відразу кинутися бігти. Через кілька хвилин прогримів вибух". До дискредитації ОУН-УПА під час війни приклався й легендарний партизанський розвідник Микола Кузнєцов, він же Микола Грачов, він же Пауль Зіберт. За що пізніше і поплатився. Після ліквідації в Рівному високопоставленого німецького офіцера він навмисно кинув на місці вбивства портмоне з документами на ім'я одного з діячів ОУН. В результаті гестапо схопило й розстріляло кілька десятків бійців і командирів УПА. З 1944 по 1950 роки чекістам не вдалося ліквідувати УПА. І тоді МГБ звернулося до улюбленого методу більшовиків — провокації. Це підтверджує і колишній партизан-диверсант Ілля Старинов у своїй книзі "Міни сповільненої дії"[3]. "Якби Совєти діяли тільки військовими методами, вони б не ліквідували підпілля", — переконаний останній командувач УПА Василь Кук-Коваль. У 1947 році перший секретар ЦК компартії України М.Хрущов звернувся до Сталіна з проханням дозволити таємно ліквідувати церковну верхівку уніатської церкви в Ужгороді і, зокрема, архієпископа української уніатської церкви Ромжа, що підтримував тісні зв'язки з ОУН і Ватиканом. Для проведення операції в Ужгород виїхали вже відомий нам Судоплатов, міністр держбезпеки України Савченко та начальник токсикологічної лабораторії МДБ Майрановский. Він і передав ампулу з отрутою кураре негласному співробітнику МГБ, медсестрі лікарні, де в той час лікувався Ромжа. Вона-то і зробила смертельний укол. Людиною, який наніс українському національно-визвольному руху непоправної шкоди, є радянський суперагент Кім Філбі. З 1949 по 1951 рік він працював у Вашингтоні, займаючи посаду офіцера по взаємодії між SIS і ЦРУ, які проводили спільні таємні операції в Східній Європі. Це дозволяло йому інформувати радянську розвідку про всі заходи англійців і американців. Бандера організував перехід своїх кур'єрів через Польщу, призначивши керівником підпілля Зенона, який працював у польській службі безпеки, яка, в свою чергу, тісно контактувала з КДБ — так що весь зв'язок через Польщу в Україну був під контролем КДБ. Зенон видав на явну смерть близько сотні людей. За різними оцінками, до того часу УПА налічувала у своїх лавах від 40 до 100 тисяч бійців. І командував цією армією генерал-хорунжий Роман Шухевич — "Тарас Чупринка". За словами Судоплатова, він "мав неабияку хоробрість і досвід конспіративної роботи, що дозволяло йому ще й через сім років після відходу німців займатися активною підривною діяльністю". В операції з ліквідації Шухевича був задіяний (добровільно чи з примусу) учасник націоналістичного руху адвокат Горбовий. Як пише все той же Судоплатов, Горбовий вказав місце, де міг ховатися Шухевич. МДБ вдалося також завербувати командувача ОУН-УПА гравця львівської команди "Динамо" і захопити одну з тілоохоронців Шухевича Дарину Гусяк. З 4 на 5 березня 1950 року була проведена чекістко-військова операція, в результаті якої вбито члена Головного «проводу» ОУН — Шухевича. Колишній генерал КДБ Олег Калугін (на питання: чи вів КДБ війну проти ОУН?): «А як же… По-перше, весь КДБ України був налаштований на цю хвилю. І, по-друге, Україна була однією з головних складових частин Радянського Союзу, і спроби відторгнути її від СРСР вважалися одним з найбільш серйозних державних злочинів. І в цьому сенсі українські націоналісти були найбільш яскравими і прямими ворогами радянської влади, і тому підлягали ліквідації. Ну і, в першу чергу, їх ватажки — провідники, як їх називали. Якщо ми, наприклад, з вірменською еміграцією «Дашнакцутюн» (була така організація, вона, до речі, була наскрізь пронизана радянською агентурою), могли знаходити спільну мову, то з українськими націоналістами це було важкувато. Але, тим не менш, ми мали агентів і там. Вони знаходилися на контролі і в Москві, і в Києві. З їх допомогою знаходили антирадянськи налаштованих людей. І вони підлягали ліквідації. І ця політика ніколи не змінювалася. Можливо, стала згодом більш обережною.»[4]